De las cerca de 200 hectáreas que pudo tener sólo la parte central del asentamiento, en la actualidad la Zona de Monumentos Arqueológicos de Izapa, cuenta con una área de aproximadamente 127 hectáreas protegidas mediante la declaratoria un Decreto presidencial publicado en dos ocasiones en el diario Oficial de la Federación, el 9 de enero y el 26 de diciembre de 2002. La poligonal incluye las principales estructuras arquitectónicas de la parte nuclear del asentamiento, quedando fuera de aquella, otras estructuras y construcciones menores (seguramente un gran número de unidades domésticas), pero no por ello menos importantes para el estudio y comprensión de Izapa.

La parte central está dividida en 98 parcelas repartidas entre 60 propietarios particulares y ejidos utilizados principalmente al cultivo de cacao, frutas, maíz y la cría de animales. Algunos propietarios se encargan de vigilar y controlar el acceso de los turistas a los diferentes grupos de monumentos, sin que hasta donde sepamos exista una relación formal con el Instituto Nacional de Antropología e Historia.

Hasta donde sabemos el proyecto para la compra y adquisición de los terrenos de la zona central por parte del INAH, que es donde se encuentran los monumentos mayores o más importantes, no ha sido concretado por distintas razones, por lo que existen una serie de irregularidades en cuanto a la propiedad de la Zona de Monumentos Arqueológicos de Izapa.