El Tacaná se encuentra ubicado muy cerca de la zona de triple unión de las placas tectónicas de Norteamérica, Caribe y Cocos (Burkart y Self, 1985) dentro del bloque cortical de Chortis (Ortega-Gutiérrez et al., 2004)

Debido a su posición tectónica, no existe un basamento Paleozoico en la región como se había
planteado (Mooser et al., 1958; De Cserna et al., 1988; De-la Cruz y Hernández, 1986) sino de probable edad Mesozoica. Existen dos fases de intrusión con edades de 29-35 Ma y 13-20 Ma representadas por granitos, granodioritas y tonalitas (Mugica-Mondragón, 1987; García-Palomo et al., 2006). La actividad volcánica inició hace 2 Ma con la formación de la caldera San Rafael y continuó hace 1 Ma con la creación de la caldera Chanjalé (García-Palomo et al., 2006).

El Tacaná se emplazó durante los últimos 100 000 años o menos dentro de la caldera San
Rafael. En realidad el Tacaná es un complejo volcánico como lo mencionó De Cserna et al. (1988), que consiste en cuatro estructuras alineadas en dirección NE-SW y son los volcanes Chichuj (Talquian), Tacaná, el domo las Ardillas y San Antonio (El Águila) (Macías et al., 2000; García-Palomo et al., 2006)